可先用50％乙醇煮沸1小時，再依次用50％乙醇、0.01mol/L碳酸氫鈉和0.001mol/LEDTA溶液洗滌，用蒸餾水沖洗即可使用。實驗證明，50％乙醇處理對除去具有紫外吸收的雜質特別有效。（也可先在大體積的2%（W/V）碳酸氫鈉和1mmol/LEDTA（pH8.0）中，將
透析袋煮沸10分鐘，用蒸餾水*清洗后，再放在1mmol/LEDTA（pH8.0）中將之煮沸10分鐘。）
新的透析袋如不作如上的特殊處理，則可用沸水煮五至十分鐘，再用蒸餾水洗凈，即可使用。使用時一端用橡皮筋或線繩扎緊，也可以使用特制的透析袋夾夾緊，由另一端灌滿水，用手指稍加壓，檢查不漏，方可裝入待透析液，通常要留三分之一至一半的空間，以防透析過程中，透析的小分子量較大時，袋外的水和緩沖液過量進入袋內將袋漲破。含鹽量很高的蛋白質溶液透析過夜時，體積增加50％是正常的。為了加快透析速度，除多次更換透析液外，還可使用磁子攪拌。透析的容器要大一些，可以使用大燒杯、大量筒和塑料桶。小量體積溶液的透析，可在袋內放一截兩頭燒園的玻璃棒或兩端封口的玻璃管，以使透析袋沉入液面以下。
使用后的透析袋洗凈后可存于4℃蒸餾水中，確保透析袋始終浸沒在溶液內。若長時間不用，可加少量NaN2，以防長菌。從此時起取用透析袋必須戴手套。洗凈涼干的透析袋彎折時易裂口，用時必須仔細檢查，不漏時方可重復使用。在保持之前需用生理鹽水浸泡以去掉蛋白，并用蒸餾水清洗干凈，然后置50％乙醇中保存即可；用完以后,要*洗干凈,透析袋也可以保存在0.1%疊氮鈉（可防止微生物生長）里；0.05%-0.1%疊氮鈉，或者1mMEDTA，或者50％甘油中4度保存。
